在微生物限度檢查中，選擇薄膜過濾法還是直接接種法，需要綜合考慮多個因素。

首先，考慮樣品的特性。如果樣品具有較強的抑菌性，那么薄膜過濾法通常更合適。因為薄膜過濾可以通過沖洗過濾膜，有效去除樣品中的抑菌成分，從而提高微生物的回收率。

例如，一些含有抗生素成分的藥品，采用薄膜過濾法能更準確地檢測出其中的微生物。

其次，樣品的數量也會影響選擇。當樣品量較大時，薄膜過濾法相對更具優勢，能夠同時處理多個樣品，提高檢測效率。

再者，檢測的微生物種類也很重要。對于一些難以在直接接種環境中生長的微生物，薄膜過濾法可能更有助于其檢出。

另外，實驗室的設備和條件也是選擇的考量因素。如果實驗室具備完善的薄膜過濾設備和操作條件，比如需要微生物限度薄膜過濾器等，那么選擇薄膜過濾法會更方便;反之，如果條件有限，直接接種法可能更容易實施。

例如，在檢測某新型抗菌藥物時，由于其強大的抑菌作用，采用薄膜過濾法成功地檢測出了微量的微生物;而對于一些常規的、抑菌性較弱的藥品，直接接種法就能夠滿足檢測需求，且操作更為簡便。

總之，在選擇薄膜過濾法和直接接種法時，需要綜合評估樣品特點、檢測要求、實驗室條件等多方面因素，以確保選擇最適合的方法，獲得準確可靠的檢測結果。